目前，中國生物肥料年產量達到1200萬噸，年產總值200億元。在未來幾年將會迎來快速發展期。具體講，在“十三五”和更長時期***將大力支持和發展微生物肥料產業，其方向重點在兩個方面：一是突破微生物和生物功能物質篩選與評價、高密度高含量發酵與智能控制、新材料配套增效等關鍵技術，創制和推廣一批有效固氮解磷、促生增效、新型復合和專用的綠色生物肥料新產品；二是加快研發污染土壤的植物－微生物聯合修復技術、重金屬污染土地的生物固化與生物修復技術、以及土壤農用化學品殘留組分的生物消減（消除）技術，創制土壤生物修復新產品，集成配套技術體系，建立土壤聯合修復的技術模式，逐步消除土壤污染物，改良和修復土壤。 
從目前微生物市場情況來看，雖然進入這個領域的企業數量猛增，但一直缺少領軍企業和標桿產品，微生物肥料推廣實力弱，更缺少系統的應用研究，導致整個產業很難形成合力。